1.1 1.1 Entorno Linux, sistema de archivos y comandos esenciales de terminal
Arquitectura del árbol de directorios de Linux
En entornos de cálculo científico y nanotecnología, Linux estructura el almacenamiento en un árbol jerárquico unificado que nace en la raíz:
Para consultar la ruta absoluta en la que nos encontramos dentro del árbol, ejecutamos el comando pwd:
Comandos esenciales de navegación y listado
La interacción con la terminal se basa en comandos estándar con opciones específicas:
Para listar los archivos de una sesión experimental ordenados cronológicamente con sus permisos:
Rutas absolutas y rutas relativas
Una ruta absoluta comienza siempre en la raíz barra, mientras que una ruta relativa depende del directorio actual:
Si estamos en la carpeta scripts y deseamos acceder al directorio hermano de datos sin usar la raíz:
Manipulación determinista de archivos y directorios
La gestión de archivos se realiza con comandos directos que admiten modificadores recursivos:
Para crear de forma segura una jerarquía completa de carpetas sin generar errores si ya existen:
Configurar un espacio de trabajo para un proyecto de nanopartículas de oro con subcarpetas para scripts y datos brutos.
Creación de la jerarquía de directorios.
Creamos la estructura en un único comando empleando la opción recursiva:
Verificación de la estructura.
Accedemos a la carpeta raíz del proyecto y listamos el contenido para verificar la creación:
La creación con el modificador recursivo evita la repetición de llamadas y asegura la existencia de carpetas padre.
Navegación mediante rutas relativas entre directorios hermanos en un servidor de cálculo.
Identificación del directorio de origen.
Comprobamos el directorio actual de ejecución mediante el comando print working directory:
Desplazamiento relativo a la carpeta de calibración.
Utilizamos dos puntos para retroceder un nivel y descender al directorio de configuración:
Las rutas relativas permiten que los scripts y comandos sean portables entre diferentes cuentas de usuario.
Duplicación de seguridad de un archivo de mediciones de espectroscopía Raman antes de su procesado.
Copia determinista del fichero bruto.
Generamos una réplica de respaldo del archivo de datos asegurando el archivo original:
Confirmación del duplicado.
Comprobamos el tamaño en bytes de ambos ficheros para validar la integridad de la copia:
Realizar respaldos previos al procesado evita la pérdida irreparable de datos experimentales.
Reorganización y reubicación de series temporales de microscopía electrónica.
Creación del directorio de destino.
Preparamos la carpeta que almacenará las imágenes procesadas:
Traslado de los ficheros.
Movemos los archivos que coinciden con el patrón especificado hacia la carpeta de destino:
El comando mv permite reorganizar conjuntos masivos de archivos sin duplicar el espacio ocupado en disco.
Eliminación controlada de ficheros temporales de log tras una simulación molecular.
Inspección de los ficheros candidatos a borrado.
Listamos los archivos temporales generados para verificar que no contienen resultados definitivos:
Borrado seguro e interactivo.
Eliminamos los ficheros temporales solicitando confirmación para prevenir eliminaciones accidentales:
El uso de la opción interactiva en rm constituye una buena práctica fundamental en servidores de producción.